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아무도 답변을 안하길레....
세무사는 아닌데요...관심이 있어서 좀 공부한적이 있습니다.

1.수원시는 5대신도시에 포함되지 않으므로 등기후 3년 보유(실거주하지
않음)만 해도 양도세 면제 되지 않나요?
=> 맞습니다. 5대신도시에 포함되지 않으므로 실거주여부와 상관없이
3년 보유만 하면 양도세 비과세입니다.(1가구 1주택인 경우)

2.거주와 상관없이 보유만 3년하면 되는기준이 현재 진행중인 재건축
단지는 다르게 적용되나요?
천천 재건축은 입주후 1년거주 3년보유해야 양도세 면제된다는 이야기가
있던데. 그럼 기존의 일반아파트와 현재 진행중인 수원시내의 재건축아
파트가 다르게 적용 받나요?
=> 1가구 1주택인 경우 3년보유하면 양도세 비과세 되는것은 재건축이던
일반아파트이던 동일합니다.
그러나 소득세법이 개정되어 2006년 1월 1일 이전에 재건축입주권을
취득하거나 구입한것은 분양권으로 인정되어 기존주택을 양도시
주택수에 포함이 안되지만....2006년 1월 1일 이후 취득한 입주권은
기존주택 매매시 주택수에 포함되는 것입니다.
이때에도 양도세가 비과세 되는 경우가 있는데...
즉, 1가구 1주택자가 2006년 1월 1일 이후 재건축 입주권을 취득한
경우 재건축을 먼저팔면 양도세 중과되고...기존주택을 팔때
양도세가 면제되는 경우는
1)재건축 입주권 취득후 1년이내에 양도세 비과세 요건을 갖춘 기존
주택을 매매하면 양도세 비과세 됨
또는
2)재건축 준공완료후 양도세 비과세 요건을 갖춘 기존 주택을
1년이내에 매매하고 기존주택에 거주하던 모든 세대원이
재건축 주택에 입주하여 1년이상 거주하면 기존주택은 양도세
비과세 입니다.
(여기서 물론 양도세 비과세 요건이라는 것은 3년 보유입니다.)

답변이 되었는지 모르겠네요...

더욱자세한것은 소득세법 154조(맞는지 모르겠네요..)를 참조하면 됩니다.