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방 2개와 3개는 이런 차이가 있습니다.

방 3개짜리는 기존에 봐왔던 익숙한 구조일 겁니다.
--장점이라면 방 개수가 더 있어서 용도를 달리해서 활용하기가 좋을 것입니다. 아이가 여럿이거나, 아들, 딸인 경우 하나씩 나누어 주면 좋을 것입니다. 아니면 하나는 공부방 겸 놀이방으로, 하나는 침실 이렇게 구분할 수도 있구요,
--단점이라면 작은방 2개가 각각 고만고만해서 공간 활용이 애매할 수도 있을 겁니다. 또 주방 크기가 아무래도 좁아서 큰 식탁 같은 경우는 좁을 수도 있겠지요. 
하지만, 익숙한 구조이니 괜찮을 겁니다.

방 2개짜리는 이렇습니다.
--장점은, 작은방의 크기가 커서(안방과 거의 같은 크기) 활용 가치가 있습니다. 또, 주방 넓이도 동시에 커서 요즘같이 주부 위주 구조에 맞을 겁니다. 또, 거실과 주방쪽 베란다까지가 1자로 툭 틔워져 있어서 환하고 특히 여름에 통풍이 잘 됩니다.
--단점은, 아이가 둘 이상인 경우 방 하나로 여럿이 쓰거나 용도별로 구분해서 사용할 수가 없는 점일 것입니다.

아이가 한명이라면 특별하게 제약없이 현재 나와있는 매물 중에서 방향이나 전망, 소음, 층수 등을 고려해서 고르면 될 것 같구요, 2개나 3개나 각각 장점과 단점이 있는데, 님께서 보신 대로 집값이나 여러가지 면에서 똑같다고 보시고 매입 대상 물건 중에서 단점보다는 장점쪽을 보시고 고르시면 될 것 같습니다.